Peter Parker è uno studente, miope, nerd e molto timido. Vive con gli zii ed è segretamente innamorato della compagna di scuola, Mary Jane.
Durante una visita al Museo della Scienza, viene morso da un ragno geneticamente modificato. E la sua vita si stravolge: la vista torna perfetta, il suo corpo diventa potente e insieme agilissimo, come un ragno produce una resistente ragnatela e riesce a prevedere il pericolo. Divertito dai suoi nuovi poteri, Peter cerca di sfruttarli a proprio beneficio. Ma, a causa della tragica morte dello zio, inizia una dolorosa ricerca dei responsabili, proprio assumendo la nuova identità: Spider-man.
Nel frattempo, lo scienziato Norman Osborn resta vittima dei propri esperimenti: qualcosa va storto, e la superforza su cui sta lavorando, lo ha trasformato in una creatura malvagia, Green Goblin.
Peter dovrà affrontare delle sfide notevoli: far coesistere le due identità, quella da impiegato di un giornale locale e quella da supereroe, conquistare l'amore di Mary Jane e vincere sul rivale Harry, suo migliore amico, ma anche figlio di Norman, il suo nemico numero uno.