Peter Parker ha finalmente trovato un equilibrio: la sua vita è tranquilla, il rapporto con Mary Jane va a gonfie vele e il suo impegno da supereroe riscuote un enorme successo. Ma questa nuova pace ha i minuti contati.
Il suo caro amico Harry è convinto che lui, nei panni di Spider-man, abbia ucciso suo padre, e vuole vendicarlo. Flint Marko, il vero responsabile della morte dello zio Ben, evade dal carcere. In più, un giovane fotografo, Eddie Brock, gli ruba il lavoro al giornale. Anche con Mary Jane, che si sente trascurata, le cose non vanno più bene.
Proprio nel momento di caos, una strana creatura, un simbionte, si impadronisce del nostro eroe, amplificando i suoi cattivi sentimenti. Ma è quando Spider-man riuscirà a sfuggire al suo lato oscuro che cominceranno i problemi più seri…